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공공기관 지방이전 발령을 거부하면, 그 발령이 정당한 인사명령일 경우 무단결근으로 처리돼 임금 미지급이나 징계·해고로 이어질 수 있다. 반대로 발령에 정당성이 없다면 이를 이유로 한 불이익은 노동위원회 구제신청(공무원은 소청심사)으로 다툴 수 있어, 관건은 거부 여부가 아니라 발령의 정당성이다. 발령 전에 근로계약서의 근무지 특정 여부와 취업규칙·단체협약의 협의 절차를 확인해두는 것이 우선이다.
파면·해임은 잘못에 대한 징계지만 직권면직은 임용을 유지하기 어려운 사정에 따른 행정처분으로, 사유의 성격부터 다르다. 그 차이는 재임용 제한 기간과 연금·퇴직금 감액이라는 실질적 불이익으로 이어져 파면이 가장 무겁고 직권면직은 원칙적으로 불이익이 없다. 다만 정무직은 신분보장과 소청 규정 적용이 일반직과 달라, 처분에 불복할 수 있는지부터 확인해야 한다.